玉米籽粒主要由果皮、胚乳和胚三部分组成。最里面是胚，胚外面是胚乳，最外面是果皮。还有一个叫糊粉层的部位，属于胚乳的一部分，是胚乳最外面的几层细胞，位于胚乳和果皮之间。玉米的很多颜色变化，就发生在糊粉层。
我们平时见到最多的玉米是黄颜色或白颜色的，俗称黄玉米或白玉米。这主要是由于胚乳的颜色差异。胚乳一般只有黄颜色和白颜色两种。黄玉米籽粒的胚乳中含有胡萝卜素、类胡萝卜素和玉米黄素等，显黄颜色，而白色玉米中没有或很少。
一般情况下，玉米籽粒的果皮是无色透明的，我们平时见到的大多数情况都是这种。但也还有红颜色和黑颜色的果皮。有一类黑玉米就是因为果皮黑色所导致，这类黑玉米属于果皮遗传，该性状是由许多基因共同作用的结果，其遗传也比较复杂，其标志性特征与色泽均为连锁遗传，色泽具有部分加性效应。黑玉米作母本时显示母本黑色（或紫红色），作父本时花粉没有直感现象，当代不表现黑色，它与黄玉米杂交子粒为黄色，与白玉米杂交子粒为浅黄色，与黑玉米杂交子粒为黑色；其F1杂交种的籽粒紫红或黑色，就连穗轴也是紫红（黑）色，甚至茎秆、叶鞘、主根、叶脉等都会显现紫红（黑）色。有报道这类玉米的硒含量比黄玉米和白玉米大幅度提高，可以作为一种特色玉米进行种植开发。
颜色变化最多种多样是发生在糊粉层部位，决定糊粉层颜色的基因有9个，分别是A1、A2、BZ1、BZ2、C1、C2、In、Pr和R。如果9个基因均为显性，则显现为紫颜色，紫颜色也是一种花青素显色，就像葡萄中的紫色一样，是一种对人体健康有益的天然色素。而9个基因中的显、隐性状态不同的组合，则会呈现不同的花青素的种类和含量，表现出深紫色、红色、棕红色、白色等颜色。将白颜色的玉米与紫颜色的玉米杂交，在其杂交种的果穗上就可能会产生颜色分离，在一个果穗上面呈现出多种颜色的所谓彩色玉米。
另外，还有一类玉米，其一个玉米籽粒里面就有不同颜色，如黄色背景里散布着紫色色线，非常好看。美国遗传学家麦克林托克最先通过这种现象发现基因跳跃，这种基因，它可以跳到另一个基因内部，也可以跳出来，从而影响基因表达进而影响籽粒花青素合成。这就是现在所熟知的转座子基因，麦克林托克因为发现了跳跃基因，于1983年获得诺贝尔生理或医学奖。
总之，无论是白玉米、黄玉米，还是紫玉米、黑玉米，或是多色玉米等，它们都是玉米。其主要营养成分都相近，都富含膳食纤维、淀粉或可溶性糖等。不同的颜色主要是色素的差异，这些色素也都是天然的，对人体健康有益的。
