滇中地区长期缺水，为保证农业产出，大量使用化肥农药现象屡见不鲜。久而久之，农业面源问题浮现。云南省农业厅种植业处副处长陈跃表示，滇中引水工程建成后，大量水源进入缺水区，农业效能提升的同时，过量使用农药化肥情况也将得到遏制。
受水区农业面源污染问题得到改善仅仅是滇中引水工程生态效应其中之一。长江勘测规划设计研究院院长、中国工程院院士钮新强接受记者采访时说：“从生态的角度看，现在滇中地区面临的生态压力非常大，主要是与水资源的短缺有关。这项工程对高原湖泊的保护带来重要意义。30多亿方水调来以后，对改善滇中地区水资源的配置，改善生态环境，促进社会经济发展的效益非常明显。”
党的十八大以来，以习近平同志为核心的党中央高瞻远瞩，着力创新发展理念，大力建设生态文明。2015年1月，习近平总书记考察云南时强调，要把生态环境保护放在更加突出位置，像保护眼睛一样保护生态环境，像对待生命一样对待生态环境。我省地处祖国西南，得天独厚的地理条件和气候优势，造就了美丽的山川河流、多彩的历史人文，但近些年来，随着经济社会的高速发展，由于工农业大量挤占维持河湖生态平衡的基本水量，我们也与全国其他地区一样面临着自然的破坏、湖泊的污染、生态的退化等环境问题，九大高原湖泊除抚仙湖等少数湖泊外，水质均不同程度恶化，滇池更是连年入选国家“三湖”治理行列，近年来为改善水质已投入了大量的资金、人力和物力。滇中引水工程建成后，受水区用水结构将进一步得到优化，受水区大中水库可实现向下游提供生态用水，多年平均退还滇中地区挤占的河道内生态环境用水近2亿立方米，有利于改善河流的生态环境。同时，滇中引水工程利用总干渠空闲富余能力，向滇池、杞麓湖、异龙湖补充生态环境用水6.72亿方，预计补水后滇池、杞麓湖和异龙湖水质均会有不同程度改善。
